La pole position è andata nelle mani di Marc Marquez che con un tempo di 1:28.386 ha fatto veramente la differenza sul circuito di Phillip Island, in Australia. L’ultimo settore del numero 93 è stato nettamente migliore di quello di tutti gli altri ed è lì che il pilota ha costruito la sua performance. Accanto a lui partirà il ritrovato Maverick Vinales che ha perso la prima posizione per un soffio. Chiude la prima fila Johann Zarco con la Yamaha del 2016 del Team Tech3. Andrea Iannone con la Suzuki apre la seconda fila, Jack Miller e Pol Espargaro completano la seconda fila. La terza viene aperta da Valentino Rossi ed è completata da Aleix Espargaro e Bradley Smith. Decimo Crutchlow autore di una caduta, dietro di lui Andrea Dovizioso in undicesima posizione, la prima delle Ducati.

Molto complicate le qualifiche di Dovizioso, che dopo la caduta durante le prove libere 4 della mattina, non è riuscito a ritrovare il buon ritmo che aveva dimostrato di possedere durante il venerdì. D’altro canto tutte le Ducati si sono travate molto male in Australia, e Dovizioso ha messo parzialmente una pezza sui cattivi risultati ottenuti delle Rosse di Borgo Panigale. Si tratta di una grande occasione per Marquez, che partendo dalla prima posizione potrebbe allungare pesantemente sia su Dovizioso che con Vinales. Addirittura in caso di vittoria, Vinales potrebbe venir tagliato fuori dalla lotta per il titolo in modo definitivo.